ใช้เมตโคนาโซลในการควบคุมโรคเชื้อราในพืชหลายชนิด โดยเฉพาะโรคสนิม โรคใบจุด และโรคโคนเน่าในพืชเศรษฐกิจ เช่น ข้าว มันสำปะหลัง และพืชไร่ นิยมใช้ในรูปของสารละลายฉีดพ่นทางใบ ช่วยป้องกันและยับยั้งการเจริญเติบโตของเชื้อราได้อย่างมีประสิทธิภาพ สามารถดูดซึมเข้าสู่เนื้อเยื่อพืชได้ดี ทำให้มีฤทธิ์ต่อเนื่องยาวนาน ใช้ได้ทั้งก่อนและหลังการติดเชื้อ แต่ควรใช้ตามอัตราที่แนะนำเพื่อลดความเสี่ยงต่อการดื้อยาของเชื้อรา