สารเมทัลแซกซิลเป็นสารกำจัดเชื้อราที่ใช้กันอย่างแพร่หลายในภาคการเกษตร โดยเฉพาะในการควบคุมโรคพืชที่เกิดจากเชื้อราในกลุ่ม Oomycetes เช่น เชื้อราไฟท็อปธอรา (Phytophthora) และพีรีคูเลเรีย (Pythium) ซึ่งเป็นสาเหตุของโรคเน่าราก รากเน่า และโรคเหี่ยวในพืชหลายชนิด มักใช้พ่นหรือผสมกับดินก่อนปลูกเพื่อป้องกันการติดเชื้อในระยะเริ่มต้น โดยเฉพาะในพืชเศรษฐกิจ เช่น มันฝรั่ง ข้าว กาแฟ ยาสูบ และผักบางชนิด ช่วยลดการสูญเสียผลผลิตจากโรคและเพิ่มอัตราการรอดชีวิตของต้นกล้า เนื่องจากเมทัลแซกซิลมีฤทธิ์ซึมเข้าสู่พืชได้ดี (systemic fungicide) จึงสามารถปกป้องพืชจากภายใน ทำให้มีประสิทธิภาพแม้หลังจากที่พืชเริ่มติดเชื้อแล้วในระยะแรก อย่างไรก็ตาม การใช้สารนี้ควรควบคุมอย่างเหมาะสมเพื่อหลีกเลี่ยงการดื้อยาของเชื้อรา และควรสลับกับสารกำจัดเชื้อราชนิดอื่นเป็นระยะ