ใช้สารอิมาซาลิลเป็นสารฆ่าเชื้อราในภาคเกษตรกรรม โดยเฉพาะในการควบคุมเชื้อราที่ทำให้เกิดโรคเน่าในผลไม้ เช่น ส้มและมะนาว หลังการเก็บเกี่ยว นิยมใช้พ่นหรือแช่ผลไม้ก่อนบรรจุเพื่อยืดอายุการเก็บรักษาและป้องกันการเสื่อมสภาพระหว่างการขนส่งและจัดเก็บ นอกจากนี้ยังใช้ในการรักษาพืชที่มีปัญหาเชื้อราในดินหรือทางใบ โดยเฉพาะในพืชผักและไม้ผลบางชนิด ช่วยลดการสูญเสียผลผลิตและรักษาคุณภาพของสินค้าเกษตรให้คงอยู่ได้นานขึ้น