ใช้เป็นสารติดตามในงานวิจัยด้านสิ่งแวดล้อมเพื่อศึกษาการกระจายตัว การสะสม และการสลายตัวของเฮกซ์คลอโรเบนซีนในระบบนิเวศ โดยเฉพาะในดิน น้ำ และสิ่งมีชีวิต เนื่องจากเป็นสารที่มีการติดป้ายด้วยคาร์บอน-13 ซึ่งช่วยให้สามารถติดตามเส้นทางของสารได้อย่างแม่นยำผ่านเทคนิคการวิเคราะห์ไอโซโทป เช่น GC-IRMS (Gas Chromatography-Isotope Ratio Mass Spectrometry) นอกจากนี้ยังใช้ในงานวิจัยด้านพิษวิทยาเพื่อศึกษาการดูดซึม การกระจายตัว และการขับออกของสารพิษในสิ่งมีชีวิต โดยไม่รบกวนสมดุลทางเคมีของระบบเนื่องจากคุณสมบัติทางเคมีเหมือนสารต้นแบบเพียงแต่มีมวลอะตอมที่ต่างกัน