ใช้ฮีกซะซินอนในเกษตรกรรมเป็นสารกำจัดวัชพืชชนิดระบบนำเลือด ซึ่งสามารถควบคุมวัชพืชใบกว้างและบางชนิดของวัชพืชใบแคบได้ดี โดยมักใช้ในพื้นที่เพาะปลูกเช่น ไร่อ้อย ป่าไม้ พื้นที่อุตสาหกรรม และพื้นที่รกร้าง เพื่อป้องกันไม่ให้วัชพืชขึ้นรก ฮีกซะซินอนออกฤทธิ์โดยการยับยั้งการสังเคราะห์แสงในพืช ทำให้พืชตายลงหลังจากดูดซึมสารเข้าไปทางรากหรือใบ สามารถใช้ได้ทั้งก่อนและหลังวัชพืชงอก โดยเฉพาะในช่วงเริ่มต้นของการปลูกอ้อย ช่วยลดการแข่งขันของวัชพืชกับพืชเศรษฐกิจ สารนี้มีความคงตัวในดินและมีฤทธิ์ยาวนาน จึงต้องระมัดระวังในการใช้เพื่อหลีกเลี่ยงผลกระทบต่อพืชชนิดอื่นหรือสิ่งแวดล้อม โดยเฉพาะแหล่งน้ำและพื้นที่ที่มีพืชไวต่อสารนี้