ใช้ฟลูดิโอซอนิลเป็นสารฆ่าเชื้อราในภาคเกษตรกรรม โดยเฉพาะในการควบคุมเชื้อราที่ทำลายเมล็ดพันธุ์และรากของพืช เช่น เชื้อราในกลุ่ม Fusarium, Rhizoctonia และ Botrytis นิยมใช้เคลือบเมล็ดพันธุ์ก่อนเพาะปลูกเพื่อป้องกันโรคจากเชื้อราในระยะเริ่มต้นของการเจริญเติบโต นอกจากนี้ยังใช้พ่นหรือฉีดพ่นบนพืชผัก ผลไม้ และพืชไร่ เพื่อป้องกันโรคที่เกิดจากเชื้อราในระยะเจริญเติบโตและเก็บเกี่ยว ฟลูดิโอซอนิลออกฤทธิ์โดยการยับยั้งการทำงานของเอนไซม์ในเส้นทางการหายใจของเชื้อรา ทำให้เชื้อราไม่สามารถผลิตพลังงานได้และตายลง จึงมีประสิทธิภาพสูงในการป้องกันและควบคุมโรค โดยเฉพาะในระบบการเพาะปลูกที่ต้องการความแม่นยำและปลอดโรคสูง