สารฟามอกซาโดนใช้เป็นสารกำจัดเชื้อราในพืช ซึ่งมีประสิทธิภาพในการควบคุมโรคที่เกิดจากเชื้อราพวกโออมัยซีต (Oomycetes) โดยเฉพาะโรคใบไหม้ โรคเน่า หรือโรคขี้มูลในพืชผัก เช่น มันฝรั่ง มะเขือเทศ และองุ่น ออกฤทธิ์โดยการยับยั้งการสร้างพลังงานในเซลล์ของเชื้อรา ทำให้เชื้อราไม่สามารถดำรงชีวิตหรือขยายตัวได้ นิยมใช้ในรูปของสารละลายฉีดพ่นทางใบ สามารถดูดซึมเข้าสู่เนื้อเยื่อพืชได้ดีและมีฤทธิ์เคลื่อนที่ภายในพืช (systemic activity) ช่วยป้องกันการติดเชื้อใหม่ได้ดี ใช้ได้ทั้งเพื่อการป้องกันและควบคุมเบื้องต้น แต่ไม่ควรใช้ซ้ำบ่อยครั้งหรือใช้ในอัตราสูงเกินไปเพื่อลดความเสี่ยงของการดื้อยา ฟามอกซาโดนมักถูกผสมกับสารกำจัดเชื้อราชนิดอื่น เช่น ไซฟลูฟีเนนามิด หรือแมนโคซีบ เพื่อเพิ่มช่วงการควบคุมและยืดอายุการใช้งานของสารกำจัดเชื้อรา