สารฟามอกซาโดนใช้เป็นสารกำจัดเชื้อราในพืช โดยเฉพาะในการควบคุมโรคใบไหม้ โรคเน่า และโรคเชื้อราอื่น ๆ ที่เกิดจากโออมัยซีต (Oomycetes) เช่น เชื้อรา Phytophthora และ Pythium ซึ่งมักพบในพืชผัก องุ่น มันฝรั่ง และพืชเศรษฐกิจหลายชนิด ฟามอกซาโดนทำงานโดยการยับยั้งการหายใจของเชื้อราที่ระดับไมโทคอนเดรีย ทำให้เชื้อราไม่สามารถผลิตพลังงานได้ ส่งผลให้การเจริญเติบโตและการแพร่กระจายของเชื้อถูกยับยั้งอย่างมีประสิทธิภาพ นิยมใช้ในรูปของสารละลายที่พ่นทางใบ สามารถดูดซึมเข้าสู่เนื้อเยื่อพืชได้ดีและมีฤทธิ์ยับยั้งเชื้อราทั้งแบบรักษาก่อนและหลังการติดเชื้อ ช่วยลดการสูญเสียผลผลิตและรักษาคุณภาพของพืชผลทางการเกษตร เนื่องจากมีประสิทธิภาพสูงและย่อยสลายได้เร็ว จึงเหมาะสมกับการใช้ในระบบการเกษตรที่ต้องการลดสารตกค้าง และมักถูกรวมอยู่ในโปรแกรมการควบคุมเชื้อราแบบหมุนเวียนเพื่อลดความเสี่ยงต่อการดื้อยา