สารฟามอกซาโดนใช้เป็นสารกำจัดเชื้อราในพืช โดยเฉพาะในการควบคุมโรคใบไหม้ โรคเน่า หรือโรคเชื้อราอื่น ๆ ที่เกิดจากเชื้อราในกลุ่มโออมัยซีต (Oomycetes) เช่น เชื้อ Phytophthora และ Pythium ซึ่งมักพบในพืชผัก องุ่น มันฝรั่ง และพืชเศรษฐกิจหลายชนิด ฟามอกซาโดนทำงานโดยการยับยั้งการสร้างพลังงานในเซลล์ของเชื้อรา ทำให้เชื้อราไม่สามารถดำรงชีวิตหรือขยายพันธุ์ได้ จึงช่วยป้องกันและควบคุมการระบาดของโรคได้อย่างมีประสิทธิภาพ โดยมักใช้ในรูปของสารละลายพ่นทางใบ หรือผสมกับสารกำจัดเชื้อราชนิดอื่นเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพและลดการดื้อยาของเชื้อรา เนื่องจากมีฤทธิ์ต่อเนื่องและดูดซึมเข้าสู่เนื้อเยื่อพืชได้ดี ฟามอกซาโดนจึงนิยมใช้ในระบบการผลิตพืชที่ต้องการคุณภาพผลผลิตสูง และต้องการการป้องกันโรคอย่างต่อเนื่อง โดยเฉพาะในเกษตรเชิงพาณิชย์