ใช้สารไคลโรซีไนล์เป็นสารกำจัดวัชพืชแบบเลือกเฉพาะเพื่อควบคุมวัชพืชใบกว้างในพืชผลธัญพืช เช่น ข้าวสาลี ข้าวบาร์เลย์ และข้าวโอ๊ต มีประสิทธิภาพในการใช้ก่อนและหลังการงอก โดยเฉพาะในการควบคุมวัชพืช เช่น หญ้าชิกวีด มัสตาร์ด และแลมส์ควอเตอร์ส นิยมใช้ในภาคเกษตรกรรมโดยการพ่นทางใบ ออกฤทธิ์โดยการรบกวนกระบวนการสังเคราะห์แสงในพืชที่ไวต่อสาร

นอกจากนี้ ยังพบในสูตรผสมสำหรับพื้นที่ที่ไม่ใช่พื้นที่เพาะปลูกและการจัดการพืชในอุตสาหกรรม การใช้สารนี้อยู่ภายใต้การกำกับดูแลเนื่องจากมีพิษต่อสิ่งแวดล้อม โดยเฉพาะต่อสิ่งมีชีวิตในน้ำ

นิยมใช้ในรูปของสารผสมกับสารกำจัดวัชพืชชนิดอื่น เพื่อเพิ่มประสิทธิภาพในการควบคุมวัชพืชหลายชนิด รวมถึงวัชพืชที่ดื้อยาบางชนิด ควรระวังการใช้ในพื้นที่ที่มีพืชผักใบเขียวหรือพืชสวน เพราะอาจเกิดอาการเป็นพิษได้หากสัมผัสโดยตรง

นอกจากนี้ ไคลโรซีไนล์ยังมีการใช้ในงานด้านอุตสาหกรรม เช่น การควบคุมพืชน้ำในแหล่งน้ำที่ไม่ใช่เพื่อการเกษตร แต่ต้องใช้ด้วยความระมัดระวังเนื่องจากมีพิษต่อสิ่งมีชีวิตในน้ำ โดยเฉพาะสัตว์น้ำขนาดเล็กและพืชน้ำที่ไม่ต้องการควบคุม