บอสคาลิดเป็นสารกำจัดเชื้อราที่ใช้กันอย่างแพร่หลายในภาคเกษตรกรรมเพื่อควบคุมโรคเชื้อราหลากหลายชนิดในพืชผลพืช ทำงานได้ดีเป็นพิเศษต่อเชื้อก่อโรคที่ทำให้เกิดโรคราน้ำค้าง โรคเชื้อราเทา และโรคใบไหม้ต่าง ๆ ใช้กับผลไม้ ผัก พืชไร่ และพืชสวน โดยปกป้องพืชทั้งจากการยับยั้งการงอกของสปอร์และยับยั้งการเจริญเติบโตของเชื้อรา คุณสมบัติแบบระบบไหลเวียนช่วยให้สารเคลื่อนที่ภายในพืช ให้การป้องกันที่ยาวนานแม้หลังฝนตกหรือการให้น้ำ บอสคาลิดมักรวมอยู่ในโปรแกรมการจัดการศัตรูพืชแบบผสมผสานเนื่องจากมีโปรไฟล์ด้านสิ่งแวดล้อมที่ดีและผลกระทบต่ำต่อแมลงมีประโยชน์ นอกจากนี้ยังใช้ในการเคลือบเมล็ดเพื่อปกป้องเมล็ดที่กำลังงอกและต้นกล้าที่อ่อนแอจากโรคที่เกิดจากเชื้อราบริเวณดิน