ใช้สารแอซอกซิสโทรบินในการควบคุมโรคพืชที่เกิดจากเชื้อราต่างๆ เช่น โรคใบไหม้ โรคสนิม และโรคข้าวกล้ามเน่า โดยมีประสิทธิภาพในการป้องกันและรักษากลุ่มเชื้อราที่เป็นปัญหาในพืชเศรษฐกิจ เช่น ข้าว ยางพารา มันสำปะหลัง และพืชผักบางชนิด สารนี้ออกฤทธิ์ยับยั้งการหายใจของเชื้อรา ทำให้เชื้อราไม่สามารถผลิตพลังงานได้ ส่งผลให้เจริญเติบโตไม่ได้และตายในที่สุด แอซอกซิสโทรบินมีคุณสมบัติเคลื่อนที่ภายในพืชได้ดี จึงสามารถปกป้องส่วนต่างๆ ของพืชได้อย่างทั่วถึง นิยมใช้ในรูปของสารละลายฉีดพ่นทางใบ ใช้ได้ทั้งก่อนและหลังการติดเชื้อ แต่ให้ผลดีที่สุดเมื่อใช้ป้องกันก่อนที่โรคจะระบาด เนื่องจากมีฤทธิ์ยาวนานและมีอัตราการตกค้างในระดับต่ำ จึงเหมาะสำหรับการใช้ในระบบการผลิตพืชที่ต้องการความปลอดภัย เช่น การผลิตข้าวหรือผักเพื่อการส่งออก อย่างไรก็ตามควรระวังการใช้ซ้ำซ้อนเพื่อลดความเสี่ยงของการดื้อยาในเชื้อรา