ใช้สารโปรธิโอฟอสเป็นยาฆ่าแมลงในภาคเกษตรกรรม โดยเฉพาะในการควบคุมแมลงศัตรูพืชที่อาศัยอยู่ในดินและแมลงชนิดกัดกินหรือดูดกินน้ำเลี้ยงพืช เช่น เพลี้ย หนอนเจาะลำต้น และแมลงหวี่ นิยมใช้ในพืชเศรษฐกิจหลายชนิด เช่น ข้าว ข้าวโพด มันสำปะหลัง และพืชผักบางชนิด สารนี้ออกฤทธิ์โดยการยับยั้งการทำงานของเอนไซม์อะซีทิลโคลีเนสเทอเรสในระบบประสาทของแมลง ทำให้เกิดการผิดปกติและนำไปสู่การตายของแมลง เป็นสารที่มีฤทธิ์เร็วและมีประสิทธิภาพในการควบคุมแมลงในระยะเริ่มต้นของการระบาด เนื่องจากมีพิษต่อสิ่งมีชีวิตน้ำและอาจสะสมในสิ่งแวดล้อม จึงต้องใช้ด้วยความระมัดระวังและปฏิบัติตามคำแนะนำอย่างเคร่งครัดเพื่อลดผลกระทบต่อสิ่งแวดล้อมและสุขภาพของผู้ใช้