2-Chloro-1-methylpyridinium iodide ใช้กันอย่างแพร่หลายเป็นสารเชื่อมต่อ (coupling reagent) ในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในการสร้างพันธะเปปไทด์ (peptide bond formation) มันช่วยกระตุ้นกรดคาร์บอกซิลิก ทำให้มีปฏิกิริยาต่ออะมีนมากขึ้น จึงช่วยในการสังเคราะห์อะไมด์ที่มีประสิทธิภาพ สารประกอบนี้ยังใช้ในการเตรียมเอสเทอร์และอนุพันธ์อะซิลอื่นๆ โดยทำหน้าที่เป็นสารดูดความชื้น (dehydrating agent) นอกจากนี้ ยังใช้ในการสังเคราะห์สารประกอบเฮเทอโรไซคลิก ซึ่งมีส่วนช่วยในการพัฒนายาและสารเคมีเกษตร บทบาทในการส่งเสริมปฏิกิริยาการควบแน่น (condensation reactions) ทำให้มีคุณค่าในการผลิตโมเลกุลอินทรีย์ที่ซับซ้อน