สารนี้ใช้เป็นหลักในการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเฉพาะในกระบวนการ solid-phase peptide synthesis (SPPS) ในฐานะอนุพันธ์กรดอะมิโนที่ได้รับการป้องกัน ทำหน้าที่เป็นหน่วยย่อยสำหรับการสร้างสายเปปไทด์ โดยกลุ่มฟลูออเรนิลเมทอกซีคาร์บอนิล (Fmoc) ทำหน้าที่เป็นกลุ่มป้องกันสำหรับกลุ่มเอมีโน กลุ่มอินโดลในโครงสร้างทำให้เหมาะสมเป็นพิเศษสำหรับการนำ tryptophan analogs เข้าสู่เปปไทด์ ซึ่งจำเป็นสำหรับการศึกษา protein interactions และการออกแบบโมเลกุล bioactive การประยุกต์ใช้มีความสำคัญในการวิจัยเภสัชกรรม โดยเฉพาะการพัฒนายา peptide-based และการศึกษา biochemical ที่เกี่ยวข้องกับโปรตีน tryptophan-rich