สารเคมีนี้ถูกนำมาใช้หลักในด้านการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในเคมีเปปไทด์ ซึ่งทำหน้าที่เป็นกลุ่มป้องกันสำหรับกรดอะมิโนระหว่างการสังเคราะห์เปปไทด์ กลุ่ม fluorenylmethoxycarbonyl (Fmoc) ซึ่งเป็นส่วนประกอบของสารนี้ ถูกใช้อย่างแพร่หลายเนื่องจากมีความเสถียรภายใต้สภาวะเบสและสามารถกำจัดออกได้ง่ายภายใต้สภาวะกรดอ่อน ทำให้มีประสิทธิภาพสูงในการสังเคราะห์เปปไทด์แบบเฟสตายตัว (SPPS) ซึ่งช่วยในการสร้างเปปไทด์แบบขั้นตอนด้วยความแม่นยำและผลผลิตสูง นอกจากนี้ กลุ่ม 2,4-dimethoxybenzyl ยังให้การป้องกันเพิ่มเติมสำหรับกลุ่มฟังก์ชันเฉพาะ เสริมสร้างความเลือกและประสิทธิภาพของกระบวนการสังเคราะห์ การประยุกต์ใช้ของมันมีความสำคัญในการผลิตเปปไทด์ที่ซับซ้อนสำหรับการวิจัยเภสัชกรรม การพัฒนายา และการศึกษาทางชีวเคมี