2,6-Difluoro-Phenylalanine ethyl ester ถูกนำมาใช้ในการวิจัยและพัฒนายา โดยเฉพาะในด้านการออกแบบและสังเคราะห์สารประกอบทางเภสัชกรรมที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ สารนี้มักถูกใช้เป็นสารตั้งต้นหรือ intermediate ในการผลิตสารต้านมะเร็งและสารยับยั้งเอนไซม์ เนื่องจากโครงสร้างที่มีฟลูออรีนสามารถเพิ่มความเสถียรและประสิทธิภาพของยา นอกจากนี้ยังมีการศึกษาเพื่อนำไปใช้ในกระบวนการปรับแต่งโมเลกุลเพื่อเพิ่มการดูดซึมและประสิทธิภาพของยาในร่างกาย