สารประกอบนี้ใช้หลักในการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยทำหน้าที่เป็นอนุพันธ์กรดอะมิโนที่ได้รับการป้องกัน กลุ่มฟลูออรีนิลเมท็อกซีคาร์บอนิล (Fmoc) ทำหน้าที่เป็นกลุ่มป้องกันสำหรับหมู่เอมีน เพื่อให้เกิดปฏิกิริยาแบบเลือกสรรในกระบวนการสังเคราะห์ การนำสารนี้ไปใช้ช่วยให้สามารถประกอบเปปไทด์ได้อย่างควบคุม โดยเฉพาะในสังเคราะห์เปปไทด์แบบเฟสตะกอน (SPPS) การมีกลุ่ม 2-ฟลูออโรฟีนิลสามารถส่งผลต่อกิจกรรมทางชีวภาพหรือความเสถียรของเปปไทด์ ทำให้มีคุณค่าต่อการพัฒนายาเภสัชภัณฑ์หรือเปปไทด์ที่มีกิจกรรมทางชีวภาพ นอกจากนี้ โครงสร้างของมันถูกปรับแต่งสำหรับการประยุกต์ใช้ในเคมียารักษาโรค ซึ่งอาจใช้ในการสร้างอนุพันธ์สำหรับการค้นพบยาหรือศึกษาความสัมพันธ์ระหว่างโครงสร้างและกิจกรรม