Z-Trp-OMe ถูกใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์เปปไทด์ในฐานะกลุ่มป้องกันสำหรับทริปโตเฟน (Tryptophan) กลุ่ม Z (benzyloxycarbonyl) ช่วยปกป้องกลุ่มอะมิโนระหว่างปฏิกิริยาการจับคู่ ในขณะที่เอสเตอร์เมทิลช่วยป้องกันกลุ่มคาร์บอกซิล ทำให้เกิดปฏิกิริยาที่เลือกเฉพาะในการประกอบโซ่เปปไทด์ สารนี้มีคุณค่าอย่างยิ่งในการสังเคราะห์เปปไทด์แบบเฟสของแข็ง (SPPS) และวิธีแบบเฟสละลาย ซึ่งขั้นตอนการถอดกลุ่มป้องกันที่ควบคุมได้นั้นมีความสำคัญ นอกจากนี้ ยังนำไปใช้ในการเตรียมเปปไทด์ที่ดัดแปลงและเพปไทด์มิมิติกสำหรับการค้นพบยาและการวิจัยทางชีวเคมี เพื่อศึกษาความสัมพันธ์ระหว่างโครงสร้างและกิจกรรมของเปปไทด์ ความคงตัวภายใต้สภาวะปฏิกิริยาต่างๆ ทำให้เป็นตัวเลือกที่เชื่อถือได้ในเส้นทางสังเคราะห์ที่ซับซ้อน