Fmoc-Ala-OMe เป็นสารเคมีที่นิยมใช้ในการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเฉพาะในกระบวนการ Solid-Phase Peptide Synthesis (SPPS) กลุ่ม Fmoc (Fluorenylmethyloxycarbonyl) ทำหน้าที่เป็นกลุ่มป้องกัน (protecting group) สำหรับหมู่อะมิโน ในขณะที่กลุ่มเมทิลเอสเตอร์ (OMe) ทำหน้าที่ป้องกันหมู่คาร์บอกซิลและช่วยในการปรับสภาพการละลายและความเสถียรของสารระหว่างกระบวนการสังเคราะห์ การป้องกันนี้ช่วยให้สามารถถอดกลุ่มป้องกันและทำปฏิกิริยาคูปริงได้อย่างเลือกสรร สารนี้มักใช้ในขั้นตอนการสร้างเปปไทด์สายสั้น ๆ หรือโมเลกุลทางชีวภาพอื่น ๆ ในห้องปฏิบัติการวิจัยทางเคมีและชีวเคมี นอกจากนี้ ยังสามารถนำไปใช้ในการศึกษากลไกการเกิดปฏิกิริยาและการออกแบบยาใหม่ ๆ อีกด้วย