Fmoc-4-trifluoromethyl-L-homophenylalanine ถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในกระบวนการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเฉพาะในการสังเคราะห์แบบโซลิดเฟส (Solid-phase peptide synthesis; SPPS) เนื่องจากกลุ่ม Fmoc (Fluorenylmethyloxycarbonyl) ทำหน้าที่เป็นกลุ่มป้องกันที่สามารถกำจัดออกได้ง่าย ทำให้เหมาะสำหรับการสร้างเปปไทด์ที่มีความซับซ้อน การนำกลุ่มไตรฟลูออโรเมทิลเข้าไปในโซ่เปปไทด์ช่วยปรับเปลี่ยนคุณสมบัติของเปปไทด์อย่างมีนัยสำคัญ เช่น เพิ่มความเสถียร ชีวเภสัชกิจภาพ (bioavailability) และความสามารถในการจับคู่ (binding affinity) ทำให้มีคุณค่าต่อการพัฒนาเปปไทด์บำบัดและเปปไทด์เลียนแบบ (peptidomimetics) ซึ่งการปรับเปลี่ยนดังกล่าวสามารถปรับปรุงประสิทธิภาพยาและความต้านทานต่อการเผาผลาญ นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการศึกษาการโต้ตอบระหว่างโปรตีน-โปรตีนและกลไกเอนไซม์ เนื่องจากกลุ่มไตรฟลูออโรเมทิลสามารถทำหน้าที่เป็นตัวตรวจสอบ (probe) เพื่อสำรวจการโต้ตอบและพลวัตของโมเลกุล บทบาทในเคมียารักษา (medicinal chemistry) ก็สำคัญเช่นกัน เนื่องจากช่วยในการออกแบบสารประกอบใหม่ที่มีกิจกรรมทางเภสัชวิทยา