สารนี้ถูกใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์เปปไทด์ในฐานะอนุพันธ์กรดอะมิโนที่ได้รับการป้องกัน ทำหน้าที่เป็นหน่วยย่อยสำหรับการสร้างเปปไทด์ โดยเฉพาะในกระบวนการ solid-phase peptide synthesis (SPPS) กลุ่มฟลูออเรนิลเมทอกซีคาร์บอนิล (Fmoc) ทำหน้าที่เป็นกลุ่มป้องกัน (protecting group) สำหรับหมู่อะมีน ช่วยให้เกิดปฏิกิริยาแบบเลือกสรรในการประกอบสายเปปไทด์ กลุ่มอะซีตามิโด (acetamido) ช่วยเพิ่มความเสถียรและความจำเพาะในการสังเคราะห์ สารนี้มักใช้ในการผลิตเปปไทด์สำหรับการวิจัยเภสัชกรรม การพัฒนายา และการศึกษาทางชีวเคมี บทบาทในการช่วยให้การสังเคราะห์เปปไทด์มีความแม่นยำและมีประสิทธิภาพทำให้เป็นส่วนประกอบสำคัญในสาขาเคมีอินทรีย์และเคมีการแพทย์