สารนี้มักใช้ในการสังเคราะห์เปปไทด์เป็นอนุพันธ์กรดอะมิโนที่ได้รับการป้องกัน โดยกลุ่มฟลูออเรนิลเมทอกซีคาร์บอนิล (Fmoc) ทำหน้าที่เป็นกลุ่มป้องกันสำหรับหมู่เอมีน ซึ่งช่วยให้สามารถกำจัดออกได้อย่างเลือกสรรในระหว่างการสังเคราะห์เปปไทด์แบบเฟสของแข็ง (solid-phase peptide synthesis) มีคุณค่าอย่างยิ่งในการสังเคราะห์เปปไทด์และโปรตีนที่ซับซ้อน ซึ่งต้องการการควบคุมลำดับและโครงสร้างอย่างแม่นยำ กลุ่มฮีดรอกซิลบนวงแหวนฟีนิลยังสามารถเข้าร่วมในการปรับแต่งเพิ่มเติมหรือปฏิกิริยาต่อไป ทำให้มีประโยชน์ในการออกแบบเปปไทด์ที่มีกิจกรรมทางชีวภาพเฉพาะ การประยุกต์ใช้พบได้บ่อยในงานวิจัยเภสัชกรรม การพัฒนายา และการศึกษาทางชีวเคมีที่เกี่ยวข้องกับยารักษาที่มีพื้นฐานจากเปปไทด์ นอกจากนี้ ยังใช้ในการศึกษาปฏิกิริยาและกลไกทางชีวเคมีที่เกี่ยวข้องกับกรดอะมิโนและเปปไทด์