ใช้หลักๆ ในการสังเคราะห์เปปไทด์ สารประกอบนี้ทำหน้าที่เป็นอนุพันธ์กรดอะมิโนที่ได้รับการป้องกัน มีคุณค่าอย่างยิ่งในการสังเคราะห์เปปไทด์แบบเฟสของแข็ง (SPPS) เนื่องจากมีกลุ่มป้องกัน Fmoc สองกลุ่ม ซึ่งช่วยให้สามารถถอดการป้องกันแบบเลือกได้ในระหว่างการประกอบเปปไทด์แบบขั้นตอน การมีกลุ่ม Fmoc ช่วยให้กรดอะมิโนมีความเสถียรในระหว่างกระบวนการสังเคราะห์ ป้องกันปฏิกิริยาไม่พึงประสงค์ สารนี้มักใช้ในการผลิตเปปไทด์ที่ซับซ้อนสำหรับงานวิจัย ยา และการประยุกต์ใช้ทางเทคโนโลยีชีวภาพ ซึ่งต้องการการควบคุมลำดับและโครงสร้างของเปปไทด์อย่างแม่นยำ การใช้สารนี้พบได้บ่อยเป็นพิเศษในการพัฒนาเปปไทด์บำบัดและเปปไทด์เลียนแบบ