สารนี้มักใช้ในการสังเคราะห์เปปไทด์และโปรตีน โดยเฉพาะในกระบวนการ Solid-phase peptide synthesis (SPPS) ซึ่งเป็นวิธีการที่ใช้ในการสร้างสายเปปไทด์อย่างมีประสิทธิภาพ กลุ่ม Fluorenylmethyloxycarbonyl (Fmoc) ที่อยู่ในโครงสร้างทำหน้าที่เป็นกลุ่มป้องกัน (protecting group) สำหรับหมู่อะมิโน โดยสามารถกำจัดออกได้อย่างง่ายดายด้วยการใช้เบส เช่น ไพเพอริดีน ทำให้สามารถควบคุมลำดับของกรดอะมิโนในเปปไทด์ได้อย่างแม่นยำ นอกจากนี้ ยังใช้ในงานวิจัยทางเคมีชีวภาพเพื่อศึกษาปฏิกิริยาและกลไกการทำงานของโปรตีนและเอนไซม์ต่าง ๆ