สารเคมีนี้ใช้เป็นหลักในด้านการสังเคราะห์เปปไทด์ ในฐานะอนุพันธ์กรดอะมิโนที่ได้รับการป้องกัน ทำหน้าที่เป็นหน่วยก่อสร้างพื้นฐานสำหรับการสร้างเปปไทด์ โดยกลุ่มฟลูออเรนิลเมทอกซีคาร์บอนิล (Fmoc) ทำหน้าที่เป็นกลุ่มป้องกันสำหรับหมู่อะมิโน ซึ่งช่วยให้สามารถถอดกลุ่มป้องกันได้อย่างเลือกสรรในกระบวนการสังเคราะห์เปปไทด์แบบเฟสแข็ง (solid-phase peptide synthesis) ทำให้สามารถประกอบสายเปปไทด์ได้ทีละขั้นตอน กลุ่มเมทอกซีบนส่วนของเพนทาโนอิกแอซิดให้ความเสถียรและการควบคุมเพิ่มเติมในกระบวนการสังเคราะห์ การนำไปใช้มีความสำคัญในการผลิตเปปไทด์ที่กำหนดเองสำหรับการวิจัย ยา และเทคโนโลยีชีวภาพ โดยเฉพาะในการพัฒนายาและการศึกษาทางชีวเคมี