สารประกอบนี้ถูกใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์เปปไทด์ในฐานะกลุ่มป้องกันสำหรับกรดอะมิโน โดยเฉพาะในกระบวนการสังเคราะห์เปปไทด์แบบเฟสตะกอน (SPPS) กลุ่มฟลูออเรนิลเมท็อกซี่คาร์บอนิล (Fmoc) ปกป้องกลุ่มอะมิโน ในขณะที่กลุ่มเบนซิลปกป้องกลุ่มไฮดรอกซิลของโฮโมซีรีน การป้องกันแบบคู่นี้ช่วยให้สามารถถอดกลุ่มป้องกันอย่างเลือกสรรได้ในระหว่างกระบวนการสังเคราะห์ ทำให้สามารถสร้างเปปไทด์ที่ซับซ้อนแบบทีละขั้นตอน การประยุกต์ใช้ของมันมีความสำคัญในการผลิตเปปไทด์สำหรับการวิจัยเภสัชกรรม การพัฒนายา และการศึกษาทางชีวเคมี ซึ่งต้องการการควบคุมลำดับเปปไทด์อย่างแม่นยำ นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการสังเคราะห์เปปไทด์ที่ถูกดัดแปลงและเปปไทด์โทมิมิติกส์ ซึ่งมีบทบาทสำคัญในการออกแบบตัวแทนบำบัดและการศึกษาการโต้ตอบของโปรตีน