สารเคมีนี้ใช้เป็นหลักในการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเฉพาะในวิธีการสังเคราะห์เปปไทด์แบบเฟสของแข็ง (SPPS) ซึ่งทำหน้าที่เป็นอนุพันธ์กรดอะมิโนที่ถูกป้องกัน โดยคอนฟิกูเรชัน (R) ช่วยควบคุมสเตอริโอเคมีระหว่างการก่อตัวของพันธะเปปไทด์ กลุ่ม 9H-fluoren-9-ylmethoxycarbonyl (Fmoc) ทำหน้าที่เป็นกลุ่มป้องกันชั่วคราวสำหรับหมู่อะมิโน ซึ่งสามารถลบออกได้อย่างเลือกเฉพาะภายใต้สภาวะเบสอ่อน กลุ่ม tert-butyldimethylsilyl (TBDMS) ปกป้องหมู่ไฮดรอกซิลข้างโซ่ เพื่อป้องกันปฏิกิริยาที่ไม่พึงประสงค์ในระหว่างกระบวนการสังเคราะห์ สารประกอบนี้มีคุณค่าอย่างยิ่งในการสังเคราะห์เปปไทด์ซับซ้อนที่มีลำดับและโครงสร้างเฉพาะ ทำให้เป็นเรเยนต์สำคัญในงานวิจัยเภสัชกรรม การพัฒนายา และการศึกษาทางชีวเคมี การประยุกต์ใช้ขยายไปถึงการผลิตยาที่มีพื้นฐานจากเปปไทด์ ฮอร์โมน และโมเลกุลอื่นๆ ที่มีกิจกรรมทางชีวภาพ