สารเคมีนี้ใช้หลักในการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเฉพาะในวิธี solid-phase peptide synthesis (SPPS) เป็นสารอนุพันธ์กรดอะมิโนที่ได้รับการป้องกันของ N-เมทิล-D-ทริปโตเฟน โดยกลุ่ม Fmoc (fluorenylmethyloxycarbonyl) ปกป้องกลุ่มอะมิโน และกลุ่ม Boc (tert-butyloxycarbonyl) ปกป้องสายข้างอินโดล การ N-เมทิลของหน่วย D-ทริปโตเฟนช่วยเพิ่มความเสถียรและ bioavailability ของเปปไทด์ที่ได้ ทำให้มีคุณค่าต่อการพัฒนายาเปปไทด์ มักใช้ในการผลิตเปปไทด์บำบัด เปปไทโดมิมิติกส์ และสารชีวกิจกรรม โดยเฉพาะในงานวิจัยที่มุ่งเน้นมะเร็งวิทยา ประสาทวิทยา และต่อมไร้ท่อวิทยา กลุ่มป้องกันสามารถถูกกำจัดออกอย่างเลือกเฉพาะภายใต้สภาวะเฉพาะ ซึ่งช่วยให้ควบคุมการประกอบโซ่เปปไทด์ได้อย่างแม่นยำ