สารประกอบนี้ใช้หลักในการสังเคราะห์เปปไทด์ในฐานะอนุพันธ์กรดอะมิโนที่ได้รับการป้องกัน กลุ่มฟลูออรีนิลเมท็อกซี่คาร์บอนิล (Fmoc) ทำหน้าที่เป็นส่วนป้องกันสำหรับหมู่เอมีนในระหว่างกระบวนการสังเคราะห์ ทำให้เกิดปฏิกิริยาเลือกที่ตำแหน่งอื่นๆ ของโมเลกุล อะตอมฟลูออรีนบนวงแหวนไพรโรลิดีนสามารถมีอิทธิพลต่อการคอนฟอร์เมชันและปฏิกิริยาของเปปไทด์ ทำให้มีคุณค่าต่อการพัฒนายาและโมเลกุลชีวภาพที่อิงจากเปปไทด์ การประยุกต์ใช้มีนัยสำคัญโดยเฉพาะใน solid-phase peptide synthesis (SPPS) ซึ่งช่วยในการสร้างเปปไทด์ที่ซับซ้อนด้วยความแม่นยำสูง นอกจากนี้ การมีอะตอมฟลูออรีนสามารถเพิ่มความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและ bioavailability ของเปปไทด์ที่ได้ ทำให้มีประโยชน์ในการวิจัยเภสัชกรรมและการออกแบบยา