สารนี้มักใช้ในการสังเคราะห์เปปไทด์เป็นอนุพันธ์กรดอะมิโนที่ได้รับการป้องกัน กลุ่มฟลูออเรนิลเมท็อกซี่คาร์บอนิล (Fmoc) ทำหน้าที่เป็นกลุ่มป้องกันสำหรับหมู่อะมีน ช่วยให้สามารถกำจัดป้องกันอย่างเลือกสรรในกระบวนการสังเคราะห์เปปไทด์แบบเฟสของแข็ง (solid-phase peptide synthesis) กลุ่มเอสเทอร์อัลลิลทำหน้าที่เป็นกลุ่มป้องกันสำหรับหมู่คาร์บอกซิล ซึ่งสามารถกำจัดได้ภายใต้สภาวะอ่อนโยนโดยใช้ตัวเร่งปฏิกิริยาพัลลาเดียม ทำให้เหมาะสมอย่างยิ่งสำหรับการสังเคราะห์เปปไทด์และโปรตีนที่ซับซ้อน ซึ่งการป้องกันและกำจัดป้องกันหมู่ฟังก์ชันอย่างเลือกสรรเป็นสิ่งจำเป็น นอกจากนี้ กลุ่มไฮดรอกซิลในโมเลกุลสามารถเข้าร่วมในการปรับเปลี่ยนทางเคมีเพิ่มเติม ส่งเสริมการสร้างโครงสร้างเปปไทด์ที่หลากหลายพร้อมกิจกรรมทางชีวภาพเฉพาะ การประยุกต์ใช้มีนัยสำคัญในงานวิจัยเภสัชกรรม โดยเฉพาะในการพัฒนายา 기반เปปไทด์และวัสดุชีวภาพ