ใช้ในกระบวนการสังเคราะห์เปปไทด์และการวิจัยทางเภสัชกรรม สารประกอบนี้ทำหน้าที่เป็นรูปแบบที่ได้รับการป้องกันของกัวนิดีน ซึ่งช่วยให้เกิดปฏิกิริยาแบบเลือกเฉพาะ โดยไม่ถูกรบกวนจากหมู่ข้างเคียงที่ทำปฏิกิริยาได้ การประยุกต์ใช้หลักอยู่ที่การพัฒนาเปปไทด์ที่มีอะร์จินีน โดยกลุ่ม Boc (tert-butoxycarbonyl) ให้การป้องกันชั่วคราวแก่ฟังก์ชันกัวนิดีนในขั้นตอนการจับคู่พันธะ ซึ่งช่วยให้สามารถถอดการป้องกันได้อย่างควบคุมภายใต้สภาวะกรดอ่อนๆ โดยรักษาความสมบูรณ์ของโซ่เปปไทด์ นอกจากนี้ยังใช้ในการสังเคราะห์ตัวยับยั้งเอนไซม์และโมเลกุลชีวภาพที่ใช้งานได้ ซึ่งต้องการการจัดการหมู่ฟังก์ชันที่มีไนโตรเจนอย่างแม่นยำ เนื่องจากความเสถียรและลักษณะการถอดการป้องกันแบบเลือกเฉพาะ จึงได้รับความนิยมในกระบวนการสังเคราะห์แบบเฟสตายตัวและการสังเคราะห์แบบคอมบิเนตอริอัล