S-Benzyl 2-aminoethanethioate ใช้หลักในการสังเคราะห์อินทรีย์เป็นบล็อกก่อสร้างที่หลากหลายสำหรับการเตรียมโมเลกุลที่ซับซ้อนมากขึ้น มักใช้ในการพัฒนาสารประกอบทางเภสัชกรรม โดยเฉพาะในการสังเคราะห์อนุพันธ์ซิสเทอีนและอนุพันธ์เปปไทด์ กลุ่มฟังก์ชัน thioester และ amine ของสารนี้ทำให้มีคุณค่าต่อการสร้างโครงสร้างที่มีซัลเฟอร์ ซึ่งสำคัญในโมเลกุลชีวภาพที่ active หลายชนิด นอกจากนี้ ยังทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นในการผลิตลิแกนด์สำหรับเคมีการประสานของโลหะ ช่วยในการสร้างตัวเร่งปฏิกิริยาหรือวัสดุที่มีคุณสมบัติเฉพาะ การประยุกต์ใช้ขยายไปยังการวิจัยทางชีวเคมี ที่ซึ่งใช้ในการศึกษาโมเลกุลของเอนไซม์หรือการดัดแปลงโปรตีนที่เกี่ยวข้องกับกลุ่ม thiol