ใช้ในงานวิจัยด้านชีวเคมีเป็นหลัก โดยเฉพาะในการติดฉลากหรือทำเครื่องหมายให้กับโมเลกุลชีวภาพ เช่น คาร์โบไฮเดรตหรือไกลโคโปรตีน เนื่องจากหมู่อะมิโนออกซี (aminooxy) สามารถทำปฏิกิริยากับหมู่คาร์บอนิล (เช่น แอลดีไฮด์หรือคีโตน) ได้อย่างมีประสิทธิภาพ ทำให้เกิดพันธะออกซิม (oxime) ที่มีความเสถียร ซึ่งเหมาะสำหรับการตรวจจับหรือแยกสารในระบบชีวภาพ

โครงสร้างที่มีนิวคลีโอไฟล์สองจุดช่วยให้สามารถทำหน้าที่เป็นตัวเชื่อม (cross-linker) ได้ จึงใช้ในงานพัฒนาเซนเซอร์ชีวภาพหรือการสร้างโครงสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อน เช่น ในการออกแบบยาหรือวัสดุชีวภาพใหม่ นอกจากนี้ โครงนิวคลีอุสที่เป็นนาฟทาลีนยังช่วยให้มีการดูดกลืนแสงในช่วงยูวี-วิสิเบิล และมีคุณสมบัติเรืองแสง (fluorescence) โดยธรรมชาติ ทำให้สามารถใช้ในการถ่ายภาพและการตรวจจับโดยไม่ต้องใช้สีย้อมภายนอก สามารถตรวจติดตามได้ด้วยเทคนิคสเปกโตรสโกปี