Glycerol-3-phosphate oxidase ใช้หลักในการวิจัยทางชีวเคมีและการวินิจฉัย มีบทบาทสำคัญในวิธีการทดสอบทางเอนไซม์สำหรับวัดระดับ glycerol-3-phosphate ซึ่งสำคัญในการศึกษากลไกทางเมแทบอลิซึม โดยเฉพาะ glycolysis และการเมแทบอลิซึมของลิพิด เอนไซม์นี้ยังถูกนำไปใช้ใน biosensor สำหรับตรวจจับและวัดปริมาณ glycerol-3-phosphate ในตัวอย่างทางชีวภาพ ช่วยในการวินิจฉัยโรคเมแทบอลิซึม เช่น โรคเบาหวานและโรคอ้วน นอกจากนี้ ยังใช้ในอุตสาหกรรมชีวเทคโนโลยีสำหรับการผลิต dihydroxyacetone phosphate ซึ่งเป็นสารกลางสำคัญในกระบวนการชีวเคมีต่างๆ การประยุกต์ใช้ขยายไปถึงการศึกษาความเครียดออกซิเดชันและการทำงานของไมโตคอนเดรีย ให้ข้อมูลเชิงลึกเกี่ยวกับเมแทบอลิซึมพลังงานของเซลล์ โดยช่วยในการวิเคราะห์ตัวอย่างทางชีวภาพ เช่น เซลล์หรือเนื้อเยื่อ