3-โบรโมออกเซเทน ใช้เป็นตัวตั้งต้นที่หลากหลายในกระบวนการสังเคราะห์ทางเภสัชกรรม โดยเฉพาะในการพัฒนาโมเลกุลชีวภาพและยาตัวสมัคร กลุ่มโบรมีนที่ตำแหน่ง 3 ช่วยให้เกิดปฏิกิริยาการแทนที่นิวคลีโอไฟล์สำหรับการดัดแปลงเพิ่มเติม ในขณะที่วงแหวนออกเซเทนที่ตึงเครียดช่วยเพิ่มความเสถียรภาพทางเมแทบอลิซึมและความละลายในน้ำของสารประกอบยา มักใช้ในปฏิกิริยาเปิดวงแหวนเพื่อนำเข้าส่วนโซ่ที่ถูกฟังก์ชันนัไลซ์ นอกจากนี้ยังนำไปใช้ในยาฆ่าแมลงและวิทยาศาสตร์วัสดุสำหรับปรับเปลี่ยนคุณสมบัติและปฏิกิริยาของโพลิเมอร์