ใช้เป็นตัวกลางสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบทางเภสัชกรรม โดยเฉพาะในการพัฒนายับยั้ง kinase และโมเลกุลชีวภาพอื่นๆ โครงสร้างของมันช่วยให้สามารถทำการฟังก์ชันนาไลเซชันผ่านกลุ่ม chloromethyl ซึ่งอนุญาตให้เกิดปฏิกิริยาคัปปลิ้งกับนิวคลีโอไฟล์ เช่น อะมีนหรือไทออล ใช้กันทั่วไปในเคมีทางการแพทย์สำหรับการสร้างไลบรารีโมเลกุลคล้ายยาและการปรับปรุงสารนำ (lead compounds) ยังใช้ในงานวิจัยด้านเกษตรเคมีสำหรับการออกแบบส่วนผสมออกฤทธิ์ใหม่ที่มีความเสถียรและความจำเพาะต่อเป้าหมายที่ดีขึ้น