โพแทสเซียมเบนซิลไตรฟลูออโรบอเรต ถูกใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในปฏิกิริยาครอส-คัปปลิง เช่น ปฏิกิริยา Suzuki-Miyaura สารนี้ทำหน้าที่เป็นตัวเร่งปฏิกิริยาที่เสถียรและมีประสิทธิภาพสำหรับการนำกลุ่มเบนซิลเข้าไปในโมเลกุลอินทรีย์ต่างๆ ทำให้มีคุณค่าต่อการผลิตยา สารเคมีเกษตร และเคมีภัณฑ์ละเอียด ความเสถียรของมันในอากาศและความชื้นช่วยให้การจัดการและการเก็บรักษาง่ายดาย เพิ่มความสะดวกในการใช้งานทั้งในห้องปฏิบัติการและการผลิตทางอุตสาหกรรม นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการสังเคราะห์สารประกอบอินทรีย์ที่ซับซ้อน รวมถึงผลิตภัณฑ์จากธรรมชาติและโมเลกุลชีวภาพที่มีฤทธิ์ เนื่องจากเข้ากันได้ดีกับสภาวะปฏิกิริยาที่หลากหลาย