โพแทสเซียมเมทิลไตรฟลูออโรโบเรต ใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์อินทรีย์ในฐานะสารเมทิลเลติ้งเอเจนต์ที่เสถียรและมีประสิทธิภาพสูง โดยเฉพาะอย่างยิ่งมีคุณค่าต่อปฏิกิริยาครอส-คัปปลิง เช่น Suzuki-Miyaura couplings ซึ่งทำหน้าที่เป็นแหล่งของกลุ่มเมทิลเพื่อนำคุณสมบัติเมทิลเข้าไปในโมเลกุลอินทรีย์ สารประกอบนี้ได้รับความนิยมเนื่องจากความเสถียรในอากาศและความชื้น ทำให้จัดการได้ง่ายกว่าสารเมทิลเลติ้งอื่นๆ นอกจากนี้ ยังใช้ในการสังเคราะห์เภสัชภัณฑ์ สารเคมีเกษตร และเคมีภัณฑ์ละเอียด ที่ต้องการการเมทิลเลชันที่แม่นยำ ความเข้ากันได้กับตัวเร่งปฏิกิริยาและสภาวะต่างๆ ช่วยเพิ่มประโยชน์ในการสังเคราะห์เส้นทางที่ซับซ้อน