โพแทสเซียมไซโคลเฮกซิลไตรฟลูออโรบอเรต ใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในปฏิกิริยาครอส-คัปปลิง สารนี้ทำหน้าที่เป็นตัวรีเอเจนต์ออร์กาโนบอรอนที่เสถียรและมีประสิทธิภาพ ช่วยให้เกิดพันธะคาร์บอน-คาร์บอนใน presence ของตัวเร่งปฏิกิริยาพาลลาเดียม สารประกอบนี้มีคุณค่ามากในการสังเคราะห์โมเลกุลอินทรีย์ที่ซับซ้อน รวมถึงยาและสารเคมีทางการเกษตร ความเสถียรภายใต้สภาวะปฏิกิริยาต่างๆ ทำให้เป็นตัวเลือกที่นิยมสำหรับปฏิกิริยา Suzuki-Miyaura coupling ซึ่งช่วยในการสร้างโครงสร้างไบอาริลและโครงสร้างอะโรมาติกอื่นๆ นอกจากนี้ ยังใช้ในการพัฒนาวัสดุใหม่และเคมีภัณฑ์ละเอียด เนื่องจากความน่าเชื่อถือและความง่ายในการจัดการ