ใช้เป็นสารเคมีในปฏิกิริยาการจับคู่ข้ามแบบซูซูกิ-มิยาอูระ (Suzuki-Miyaura cross-coupling reactions) เพื่อสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอนในการสังเคราะห์อินทรีย์ โปรไฟล์ความเสถียรและความสามารถในการละลายทำให้เหมาะสำหรับการจับคู่กับอะรีลฮาไลด์ในการพัฒนายาและสารเคมีเกษตร กลุ่มไตรฟลูออโรบอเรตทำหน้าที่เป็นกรดบอรอนิกที่ถูกปกปิด (masked boronic acid) ซึ่งให้การจัดการที่ดีขึ้น ลดการสูญเสียบอรอนจากโปรโตเดบอโรเนชัน (protodeboronation) และทนต่อความชื้นและอากาศได้ดีกว่า ใช้กันทั่วไปในการฟังก์ชันนาไลเซชันระยะปลาย (late-stage functionalization) ที่ต้องการสภาวะปฏิกิริยาอ่อนโยน เหมาะสำหรับห้องปฏิบัติการและอุตสาหกรรมยา สารกำจัดศัตรูพืช และวัสดุอิเล็กทรอนิกส์อินทรีย์