เบนซิล เซลีโนไซยาเนต ถูกใช้หลักในการสังเคราะห์อินทรีย์ในฐานะสารเคมีที่หลากหลาย มักใช้ในการเตรียมสารประกอบที่มีซีลีเนียม ซึ่งเป็นสารกลางที่มีค่าในงานวิจัยเภสัชกรรมและเกษตรเคมี สารนี้มีประโยชน์โดยเฉพาะในการสังเคราะห์เซลีโนไซยาเนตและเซลไนด์ ซึ่งแสดงกิจกรรมทางชีวภาพที่มีศักยภาพ รวมถึงคุณสมบัติต้านอนุมูลอิสระและต้านมะเร็ง นอกจากนี้ ยังเป็นส่วนประกอบหลักในการพัฒนาโมเลกุลอินทรีย์ใหม่สำหรับการใช้งานในวิทยาศาสตร์วัสดุ เช่น การสร้างโพลิเมอร์หรือสารเคลือบที่มีซีลีเนียมและมีคุณสมบัติพิเศษ บทบาทของมันในการอำนวยการให้เกิดปฏิกิริยาเคมีแบบเลือกเพศ ทำให้เป็นเครื่องมือที่มีค่าตในการเคมีสังเคราะห์ขั้นสูง