ใช้เป็นตัวกลางในกระบวนการสังเคราะห์สารอินทรีย์ โดยเฉพาะในการเตรียมยาและโพลิเมอร์ที่มีการปรับแต่งคุณสมบัติ หมู่ไอโอดีนซึ่งเป็นไอโอไดด์อัลคิลปฐม มีคุณสมบัติเป็นหมู่หลุดที่ดีเยี่ยมสำหรับปฏิกิริยาการแทนที่นิวคลีโอฟิลิก และสามารถเข้าร่วมในปฏิกิริยาการจับคู่ข้าม (เช่น กับตัวแทนออร์กาโนเมทัลลิก) เพื่อสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอน สนับสนุนการประกอบโครงสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อน รวมถึงระบบอะโรมาติก โครงสร้างเอเทอร์ช่วยเพิ่มความเสถียรและปรับความสามารถในการละลาย ทำให้เหมาะสำหรับการออกแบบโมเลกุลที่มีขั้วเฉพาะ นอกจากนี้ยังใช้ในการพัฒนาสารที่มีกัมมันตภาพรังสีสำหรับการถ่ายภาพทางการแพทย์ โดยตำแหน่งไอโอดีนสามารถทำการแลกเปลี่ยนไอโซโทปหรือแทนที่ด้วยไอโซโทปรังสี เช่น ไอโอดีน-125