ใช้ในสังเคราะห์สารประกอบทางเภสัชกรรม โดยเฉพาะเป็นสารตั้งต้นในการผลิตยาที่มีโครงสร้างของเบนซีนที่มีการแทนที่ด้วยฮาโลเจน ซึ่งช่วยเพิ่มความสามารถในการจับกับเป้าหมายทางชีวภาพ เช่น เอนไซม์หรือตัวรับในร่างกาย นิยมใช้ในงานวิจัยด้านยาต้านมะเร็งและยาแก้อักเสบ นอกจากนี้ยังใช้เป็นตัวกลางในการสร้างสารเรืองแสงหรือสารติดตามในงานวิเคราะห์ทางชีวเคมี เนื่องจากหมู่ไอโอดีนสามารถทำปฏิกิริยาเพื่อติดฉลากด้วยไอโซโทปรังสีได้