ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบทางเภสัชกรรม โดยเฉพาะในกระบวนการผลิตยาที่มีโครงสร้างเบนซีนที่มีการแทนที่ด้วยฟลูออรีนและไอโอดีน ซึ่งช่วยเพิ่มความสามารถในการจับกับเป้าหมายทางชีวภาพ เช่น เอนไซม์หรือตัวรับในเซลล์ นิยมใช้ในงานวิจัยด้านยาต้านมะเร็ง ยาต้านจุลชีพ และสารที่ออกฤทธิ์ต่อระบบประสาทส่วนกลาง นอกจากนี้ยังใช้เป็นตัวทำหน้าที่เชื่อม (linker) หรือตัวทำให้เกิดปฏิกิริยาในสารประกอบฟลูออรีน-18 สำหรับการถ่ายภาพด้วยเทคนิคพีอีที (PET scan) ในงานวินิจฉัยโรคมะเร็งและโรคทางระบบประสาท