2,4,6-Tris(3,4-difluorophenyl)boroxin ใช้เป็นสารตั้งต้นหรือตัวกลางในกระบวนการสังเคราะห์สารเคมีต่างๆ โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมอิเล็กทรอนิกส์และวัสดุพิเศษ มักถูกนำมาใช้ในการผลิตสารประกอบอินทรีย์ที่มีคุณสมบัติพิเศษ เช่น วัสดุเรืองแสงหรือวัสดุเซมิคอนดักเตอร์ นอกจากนี้ ยังสามารถใช้เป็นตัวเร่งปฏิกิริยาในปฏิกิริยาเคมีบางประเภท โดยเฉพาะในกระบวนการที่เกี่ยวข้องกับการสร้างพันธะคาร์บอน-โบรอน ซึ่งเป็นประโยชน์ในการพัฒนาวัสดุใหม่ที่มีความเสถียรและประสิทธิภาพสูง