ใช้หลักๆ เป็นตัวทำละลายพิเศษและสารกลางในกระบวนการสังเคราะห์สารอินทรีย์ โดยเฉพาะในปฏิกิริยาฟลูออรีนชัน สารประกอบนี้มีคุณค่าด้วยความเสถียรและปฏิกิริยาที่เหมาะสม โครงสร้างที่ไม่เหมือนใครทำให้เหมาะสำหรับการพัฒนายา โดยเฉพาะในการสร้างอนุพันธ์ฟลูออรีนที่แสดงความเสถียรทางเมแทบอลิซึมที่เพิ่มขึ้น ยังใช้ในกระบวนการสังเคราะห์สารเคมีเกษตร ซึ่งกลุ่มไตรฟลูออโรเอทิลสามารถปรับปรุงประสิทธิภาพของส่วนผสมออกฤทธิ์ เนื่องจากมีโมไตตีเมทอกซีเอทิลและไตรฟลูออโรเอทิล จึงทำหน้าที่เป็นบล็อกก่อสร้างในการออกแบบสารประกอบที่มีขั้วและลิโพฟิลิกที่ปรับแต่งได้ นอกจากนี้ ยังนิยมใช้ในห้องปฏิบัติการวิจัยเพื่อสังเคราะห์สารที่มีโครงสร้างซับซ้อน เช่น สารชีวภาพหรือยาที่ต้องการการดูดซึมดี เนื่องจากหมู่ฟลูออรีนช่วยเพิ่มความสามารถในการซึมผ่านของโมเลกุล และอาจใช้ในวิทยาศาสตร์วัสดุสำหรับปรับเปลี่ยนคุณสมบัติพื้นผิวหรือเตรียมพอลิเมอร์ฟังก์ชันนัล รวมถึงสารประกอบฟลูออรีนพิเศษในอุตสาหกรรมไฟฟ้าเคมีและวัสดุขั้นสูง