Etoposide phosphate ใช้ในการรักษาโรคมะเร็งหลายชนิด โดยเฉพาะมะเร็งปอดชนิดเซลล์เล็ก มะเร็งอัณฑะ มะเร็งเม็ดเลือดขาวบางชนิด และมะเร็งต่อมน้ำเหลือง มักใช้เป็นส่วนหนึ่งของเคมีบำบัดร่วมกับยาอื่นๆ เพื่อเพิ่มประสิทธิภาพในการรักษา ยานี้ทำงานโดยการยับยั้งเอนไซม์ topoisomerase II ซึ่งป้องกันไม่ให้เซลล์มะเร็งสามารถจำลอง DNA ได้ ส่งผลให้เซลล์ตายในที่สุด มักให้ทางหลอดเลือดดำในสถานพยาบาล เพื่อการดูดซึมและออกฤทธิ์อย่างรวดเร็ว ความสามารถในการกำหนดเป้าหมายเซลล์ที่แบ่งตัวอย่างรวดเร็วทำให้เป็นส่วนประกอบที่มีคุณค่าในหลายโปรโตคอลการรักษามะเร็ง นอกจากนี้ยังใช้ในกรณีที่ผู้ป่วยไม่ตอบสนองต่อการรักษาด้วยวิธีอื่น หรือในกรณีที่โรคกลับเป็นซ้ำหลังการรักษา