เอพิรูบิซินถูกใช้อย่างแพร่หลายในการรักษาเคมีบำบัดสำหรับโรคมะเร็งหลายชนิด รวมถึงมะเร็งเต้านม มะเร็งกระเพาะอาหาร มะเร็งรังไข่ และมะเร็งปอด ยานี้ทำงานโดยการรบกวนดีเอ็นเอในเซลล์มะเร็ง ป้องกันการเจริญเติบโตและการแบ่งตัวของเซลล์ ยานี้มักให้ทางหลอดเลือดดำเป็นส่วนหนึ่งของการรักษาแบบผสมผสานเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพ โดยเฉพาะอย่างยิ่งมีคุณค่าในการรักษามะเร็งเต้านม ซึ่งแสดงให้เห็นความสำเร็จอย่างมีนัยสำคัญในการลดขนาดเนื้องอกและปรับปรุงผลลัพธ์ของผู้ป่วย เอพิรูบิซินยังใช้ในการรักษาเสริมเพื่อกำจัดเซลล์มะเร็งที่เหลือหลังจากการรักษาหลัก เช่น การผ่าตัด เนื่องจากมีฤทธิ์รุนแรง จึงต้องมีการตรวจติดตามอย่างใกล้ชิดเพื่อจัดการผลข้างเคียงที่อาจเกิดขึ้น เช่น พิษต่อหัวใจและการกดการทำงานของไขกระดูก