Cytidine-5'-diphosphate disodium salt ถูกใช้อย่างแพร่หลายในการวิจัยทางชีวเคมีและการพัฒนายาเภสัชกรรม โดยทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นที่สำคัญในการสังเคราะห์นิวคลีโอไทด์และกรดนิวคลีอิก เพื่อสนับสนุนการศึกษาทางชีววิทยาโมเลกุลและพันธุศาสตร์ สารประกอบนี้ยังถูกนำมาใช้ในงานทดสอบเอนไซม์เพื่อตรวจสอบกลไกการเผาผลาญนิวคลีโอไทด์และพัฒนายาการรักษาสำหรับความผิดปกติทางเมแทบอลิซึม นอกจากนี้ยังมีบทบาทในการผลิตนิวคลีโอไทด์ที่ดัดแปลงสำหรับการประยุกต์ใช้ใน RNA interference และ gene therapy ความเสถียรและความละลายน้ำของมันทำให้เป็น reagent ที่มีคุณค่าในห้องปฏิบัติการสำหรับโปรโตคอลทดลองต่างๆ